通常不会影响审核通过，但需要满足其他相关条件并提供必要的证明材料。
以下是对您问题的具体分析：
法律依据
《中华人民共和国个人所得税法》第六条【专项扣除】规定：“居民个人综合所得应纳税所得额的计算，为每一纳税年度的收入额减除费用六万元以及专项扣除、专项附加扣除和依法确定的其他扣除后的余额。其中，专项附加扣除包括住房租金支出。”
《个人所得税专项附加扣除暂行办法》第十七条【租房扣除条件】规定：“纳税人在主要工作城市没有自有住房而发生的住房租金支出，可以按照以下标准定额扣除：（一）直辖市、省会（首府）城市、计划单列市以及国务院确定的其他城市，扣除标准为每月1500元；（二）除第一项所列城市以外，市辖区户籍人口超过100万的城市，扣除标准为每月1100元；（三）市辖区户籍人口不超过100万的城市，扣除标准为每月800元。”
《个人所得税专项附加扣除暂行办法》第十八条【夫妻扣除】规定：“夫妻双方主要工作城市相同的，只能由一方扣除住房租金支出。”
《个人所得税专项附加扣除暂行办法》第十九条【备查资料】规定：“纳税人应当留存住房租赁合同、协议等有关资料备查。”
一、合同备案与个税扣除的关系
- 备案并非法定前提：从上述法律规定可以看出，申请住房租金专项附加扣除的核心条件是“在主要工作城市没有自有住房”并“实际发生住房租金支出”。法律并未将“合同备案”作为申请扣除的强制性前提条件。
- 备案属于行政管理的范畴：房屋租赁合同备案是《商品房屋租赁管理办法》规定的一项行政管理要求，主要目的在于规范租赁市场、保障当事人权益及税收征管等。其性质属于行政管理要求，而非个人所得税专项附加扣除的直接法律要件。
二、审核通过的关键因素
税务机关在审核住房租金专项附加扣除申请时，主要关注以下几点：
租赁关系的真实性：您需要能够证明您与出租方之间存在真实、合法的租赁关系。
扣除标准的合规性：您需要正确选择扣除标准（根据主要工作城市类型），且夫妻双方在同一城市只能由一方扣除。
资料的完整性：您需要按照税务机关的要求，提供或备查相关资料，以备税务机关后续核查。
三、未备案合同的证明材料
虽然合同未备案，但您仍可通过以下方式证明租赁关系的真实性，以满足审核要求：
- 租赁合同：一份内容完整、双方签字（盖章）的书面租赁合同是最直接的证明。
- 租金支付凭证：银行转账记录、微信/支付宝转账截图、现金收据等，能够证明您实际支付了租金。
- 其他辅助材料：房东的身份证明（复印件）、房产证明（如不动产权证复印件）、水电煤气缴费单等能证明租赁关系的材料。
- 情况说明：如税务机关对合同真实性有疑问，您或房东可出具书面说明。
四、风险提示与建议
税务核查风险：虽然未备案通常不影响初审通过，但如果税务机关在事后核查中对租赁合同的真实性、合法性有疑问，可能会要求您补充提供备案证明或其他更充分的证据。若无法提供，可能导致已享受的扣除被调整。
合同本身风险：未备案的租赁合同在发生纠纷时，可能影响其在行政或司法程序中的证明力。建议确保合同内容合法、权利义务清晰。
主动沟通：如果税务机关因合同未备案而提出疑问，您应主动、清晰地说明情况，并提供上述其他证明材料。
结论与建议
结论：租房合同未备案，通常不会直接导致您的个人所得税住房租金专项附加扣除申请被拒绝。只要您能提供真实、合法的租赁合同及其他相关支付凭证，证明租赁关系的真实存在，即可正常申请扣除。
建议：
确保合同真实有效：保留好与房东签订的租赁合同原件或清晰复印件。
妥善保管支付凭证：确保租金支付记录（如银行流水、电子转账截图）完整、清晰。
留存其他辅助证据：如房东身份信息、房产信息等，以备税务机关核查。
关注当地政策：不同地区的税务机关在具体执行中可能存在细微差异，建议关注当地税务机关的具体指引或咨询12366纳税服务热线。
综上，您无需因合同未备案而过分担忧个税抵扣的申请，但应确保其他证明材料的充分性。
